Situado al suroeste de Jaca, San Juan de la Peña es el monasterio más importante de Aragón en la alta Edad Media.Cuenta la leyenda, que un joven noble de nombre Voto, vino de caza por estos parajes cuando avistó un ciervo. El cazador corrió tras la presa, pero ésta era huidiza y al llegar al monte Pano, se despeñó por el precipicio. Milagrosamente su caballo se posó en tierra suavemente. Sano y salvo en el fondo del barranco, vio una pequeña cueva en la que descubrió una ermita dedicada a S. Juan Bautista y, en el interior, halló el cadáver de un ermitaño llamado Juan de Atarés. Impresionado por el descubrimiento, fue a Zaragoza, vendió todos sus bienes y junto a su hermano Felix se retiró a la cueva, e iniciarón una vida eremítica.

Este sería el inicio del Monasterio del que escribía don Miguel de Unamuno "...la boca de un mundo de peñascos espirituales revestidos de un bosque de leyenda, en el que los monjes benedictinos, medio ermitaños, medio guerreros, verían pasar el invierno, mientras pisoteaban la nieve jabalíes de carne y hueso, salidos de los bosques, osos, lobos y otros animales salvajes"

Se habitan estas montañas poco después de la invasión musulmana, al construir el castillo de Pano, destruido en el año 734. Reinando en Pamplona García Íñiguez y Galindo Aznarez I, conde de Aragón comiezan a favorecer al Monasterio.. El rey García Sánchez I concedió a los monjes derecho de jurisdicción, y sus sucesores hasta Sancho el Mayor, continuaron esta política de protección. En el reinado de Sancho Ramírez de Aragón adquiere su mayor protagonismo llegando a ser panteón de los reyes de Aragón.

Fueron devastadores los incendios de 1494 y 1675. A raíz del último de ellos, se construyó el Monasterio Nuevo.

El Monasterio viejo es Monumento Nacional desde el 13 de julio de 1889 y el monasterio nuevo es Monumento Nacional desde 1923.