Arquitecto español del que se ignora la fecha y lugar de nacimiento, muerto en Madrid en 1567.

Las primeras noticias que se tienen de Juan Bautista de Toledo datan de su estancia en Italia. Trabajó en Roma a las órdenes de Miguel Ángel en la Basílica de San Pedro, y realizó diversas obras en Nápoles que le dieron a conocer como arquitecto. Se encontraba en esta ciudad cuando en 1559 fue llamado por Felipe II para que se hiciera cargo del diseño y posterior dirección del Monasterio de El Escorial. Mientras iba tomando cuerpo la idea de esta magna obra, tanto en la mente del rey como en la del arquitecto, intervino éste en los trabajos del Palacio Real de Aranjuez y ejecutó la fachada del convento de las Descalzas Reales de Madrid.

En 1562 entregaba por fin al monarca la «traza universal», esto es, el conjunto de los planos más representativos del Monasterio de El Escorial. Bajo su dirección, el 23 de abril de 1563 se puso la primera piedra del edificio, en una de cuyas caras visibles se lee la siguiente inscripción alusiva al autor de la fábrica: «JOANNES BAPTISTA ARCHITECTUS MAJOR IX. KAL. MAII» (día noveno antes de las calendas de mayo). Murió en 1567 sin ver terminada la colosal obra de la que dejó acabado el patio de los Evangelistas y los claustros menores. Sería su ayudante Juan de Herrera quie diera remate al vasto plan de El Escorial introduciendo algunas reformas en la trazas iniciales de Toledo.